Сотрудники ФГБУ «ВГНКИ» прошли обучение по проведению анализа данных секвенирования нового поколения (NGS) в Германии

В период с 23 по 25 апреля текущего года сотрудники ФГБУ «ВГНКИ» - заведующий отделом молекулярной биологии Екатерина Давыдова и заместитель заведующего отделом Ирина Солтынская прошли обучение в области секвенировния следующего поколения (NGS) в г. Мюнхен (Германия).

Тренинг «Анализ данных секвенирования нового поколения: практическое введение» проводился компанией «EcSeq Bioinformatics GmbH».

Лекции были посвящены обзору технологий NGS-секвенирования, проблемам сборки геномов и картирования, de novo секвенированию и секвенированию с использованием данных референсного генома, детекции геномных вариаций. Подробно были рассмотрены форматы файлов с данными NGS-секвенирования и их характеристики, алгоритмы выравнивания последовательностей, визуализация результатов оценки качества данных.

На практических занятиях рассматривались наиболее известные инструменты для картирования ридов на референсный геном, проводилось картирование ридов с помощью этих программ, статистическая обработка полученных данных, поиск однонуклеотидных полиморфизмов, делеций и инсерций. Кроме того, были проведены занятия в интерактивном браузере IGV Genome Browser, позволяющем визуализировать результаты биоинформатического анализа.

Благодаря тренингу получено представление об основных современных инструментах биоинформатического анализа данных, наиболее часто используемых форматах файлов. Приобретенные знания будут использованы для оценки качества чтения и анализа данных, полученных при проведении секвенирования на системе высокопроизводительного секвенирования Miseq в рамках прикладных научно-исследовательских работ ФГБУ «ВГНКИ».

По окончании тренинга получены сертификаты об успешном завершении курса и учебные материалы на бумажных и электронных носителях.

Справочно:

Технологии NGS основаны на использовании массового параллельного секвенирования фрагментов ДНК, что позволяет получать большой объем информации о нуклеотидных последовательностях с высокой производительностью. Важным этапом при проведении NGS-секвенирования является анализ полученного массива данных с использованием различных биоинформатических приложений.