Лаборатория геномных исследований

Международная лаборатория создания средств профилактики социально-значимых инфекций продуктивных животных

Лаборатория геномных исследований создана в рамках реализации проекта «Создание средств профилактики социально значимых инфекций продуктивных животных на основе современных методов нутригеномики» и в соответствии с соглашением с Минобрнауки России о предоставлении гранта № 075-15-2022-1124 от 01.07.2022.

Специалисты лаборатории занимаются разработкой средств, включающих пробиотические микроорганизмы, с защитными свойствами к возбудителям Campylobacter jejuni, Salmonella enterica var. enteritidis, Escherichia coli для профилактики социально значимых инфекций продуктивных животных. Созданный комплекс пробиотических препаратов обеспечит иммунный гомеостаз (сопротивление), повысит сохранность и продуктивность поголовья, безопасность и качество мяса.

До 2024 года в научные работники ФГБУ «ВГНКИ» будут проводить работы, направленные на разработку инновационного симбиотического консорциума штаммов бактерий с пробиотической активностью.

Полученные высокоэффективные пробиотические штаммы можно будет использовать для профилактики и лечения заболеваний человека и животных за счет эффективного повышения иммунитета и подавления секундарной патогенной микрофлоры. Также их можно будет применять на птицеводческих предприятиях в целях получения качественной и биобезопасной пищевой продукции.

Ведущий ученый

Научный коллектив

Лаборатория

Виварий

Направления исследований

Научная деятельность

Карлышев Андрей Владимирович

Кандидат биологических наук, профессор микробиологии, Кингстонский университет, Великобритания

Профессиональное членство:

Американское общество микробиологии, США (с марта 2005 года);

Академия Высшего образования, Великобритания (с мая 2004 года);

Общество общей микробиологии, Великобритания (с июля 1999 года).

Научные интересы: пробиотики; бактериальная функциональная геномика; взаимодействия «хозяин-патоген» и факторы вирулентности; секреция белков; регуляция генов и ответ на стресс; поверхностные структуры клетки; бактериальные протеазы; новые антибактериальные препараты.

Преподавательская деятельность:

Обучение магистров и аспирантов (лекции, семинары, практические занятия).

Область преподавательской деятельности: молекулярная биология; прикладная, медицинская, экологическая и молекулярная микробиология; бактериальные патогены и инфекционные заболевания; генетика и геномика.

Публикации

Более 140 публикаций, главы книг и патенты (во многих высоко рейтинговых рецензируемых журналах, в том числе в научном журнале Nature).

Более 9700 цитирований, индекс Хирша – 39 (Google Scholar).

Публикации на сайте Кингстонского Университета: 2014, 2015, 2016, 2017a, 2017b, 2018

Публикации в мире: Health Canal, Medical Express, Drug Target Review, Alpha Gallileo,

Food Processing, Science Daily, PhysOrg, Technology Networks, FoodsafetyReport2018

Редактирование

Asian Pacific Journal of Tropical Medicine, Elsevier (Азиатско-Тихоокеанский журнал тропической медицины, изд-во «Эльзевир»).

Advances in Life Sciences; Scientific & Academic Publishing, USA (Достижения в области наук о жизни; Изд- во науки, США).

ISRN Genomics, Hindawi Publishing Corporation, USA (Геномика ISRN, Издательская корпорация Хиндави, США).

Molecular Genetics, Microbiology and Virology, Springer (Молекулярная генетика, микробиология и вирусология, изд-во Спрингер).

Бактериология, Россия.

Antibiotics, MDPI, Basel, Switzerland (Антибиотики, МДПИ, Швейцария).

Ссылки

Корпоративная веб-страница

А.Н. Панин	Академик РАН, профессор, доктор ветеринарных наук
Р.Э. Мэрфи	PhD
В.М. Абрамов	Профессор, доктор биологических наук
Л.А. Гнездилова	Профессор, доктор ветеринарных наук
Т.Т. Папазян	Кандидат ветеринарных наук
М.Г. Маноян	Кандидат ветеринарных наук
И. Н. Никонов	Доцент, кандидат биологических наук
Т.Н. Абашина	Кандидат биологических наук
А.В. Мачулин	Кандидат биологических наук
И.В. Косарев	Кандидат биологических наук
И.В. Солтынская	Кандидат биологических наук
А.Н. Иванова	Кандидат биологических наук
О.Е. Иванова	Кандидат ветеринарных наук
Л.Ю. Абрамова	Кандидат ветеринарных наук
И.А. Тимофеева	Кандидат ветеринарных наук
А.В. Путинцева	Кандидат ветеринарных наук
В.Д. Гордеева	Кандидат ветеринарных наук
Н.А. Габузян	Кандидат ветеринарных наук
А.В. Гончарова	Кандидат ветеринарных наук
М.А. Егорева	Кандидат ветеринарных наук
Д.А. Блюменкранц	Кандидат ветеринарных наук
Н.С. Абросимова	Кандидат ветеринарных наук
А.М. Маноян	Кандидат ветеринарных наук
Н.А. Кирсанова	Кандидат ветеринарных наук
В.А. Попова	Кандидат ветеринарных наук

Документы:

Новости:

В 2024 году лаборатория геномных исследований была оснащена дополнительным современным оборудованием, необходимым для пробоподготовки образцов, а также для проведения исследований.

Бинокулярный микроскоп Levenhuk ZOOM 1B. Предназначен для биологических исследований в проходящем свете в светлом и темном поле при различной степени увеличения.

Люминесцентный инвертированный микроскоп MAGUS Lum V500L. Предназначен для работы по трем методам исследований: люминесценции, фазового контраста и светлого поля.

Всего в 2024 году было приобретено 24 единицы лабораторного оборудования.

В ФГБУ «ВГНКИ» ИЗУЧАЮТ ПРОБИОТИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА ШТАММА SACCHAROMYCES CEREVISIAE ДЛЯ ПРОФИЛАКТИКИ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ У СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННЫХ ЖИВОТНЫХ

Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов (ФГБУ «ВГНКИ») в рамках гранта проводит научные исследования по теме «Изучение пробиотических свойств выделенного изолята Saccharomyces cerevisiae». Завершение работ планируется до начала декабря 2025 года.

Исследования выполняются в соответствии с Соглашением от 1 июля 2022 года № 075-15-2022-1124, заключенным с Минобрнауки России, о реализации мегагранта по теме «Создание средств профилактики социально значимых инфекций продуктивных животных на основе современных методов нутригеномики».

Целью данного проекта является определение пробиотических свойств штамма S. cerevisiae по отношению к энтеробактериям in vitro.

Saccharomyces cerevisiae – дрожжи из класса сахаромицетов, широко используемые в производстве алкогольной и хлебопекарной продукции, а также в научных исследованиях.

Кроме того, пробиотические штаммы S. cerevisiae могут быть использованы в производстве ветеринарных лекарственных препаратов для профилактики кишечных инфекций сельскохозяйственных животных.

В заключительной части реализации условий гранта запланирована стандартизация, паспортизация штамма, его депонирование и закладка на хранение штамма во Всероссийскую государственную коллекцию штаммов микроорганизмов, находящуюся в на базе ФГБУ «ВГНКИ».

Оборудование для инкубации яиц и выведения цыплят

Модули клеток для содержания лабораторных животных

В 2024 году сотрудники лаборатории геномных исследований успешно завершили выполнение двух научных проектов:

Изучение вариабельности пропорций молочнокислых бактерий Lactobacillus delbrueckii по результатам разных режимов ферментации молока. Целью этого проекта было оценить микробиологическими методами количественное содержание бактерий рода Lactobacillus и бактерий Lactobacillus delbrueckii в различных образцах молочнокислых продуктов.
Мониторинг пропорций бактерий в стартерных культурах относительно бактериального сообщества, ферментирующего молочные продукты в динамике, микробиологическими методами. Целью данного проекта было оценить микробиологическими методами количественное содержание бактерий видов Streptococcus thermophilus, Lactococcus lactis, Lactobacillus delbrueckii и Bifidobacterium animalis в различных образцах кисломолочной продукции.

1. Публикации

Abramov, V.M.; Kosarev, I.V.; Machulin, A.V.; Deryusheva, E.I.; Priputnevich, T.V.; Panin, A.N.; Chikileva, I.O.; Abashina, T.N.; Manoyan, A.M.; Akhmetzyanova, A.A.; Blumenkrants, D. A.;Ivanova, O.E.; Papazyan, T.T.; Nikonov, I.N.; Suzina, N.E.; Melnikov, V.G.; Khlebnikov, V.S.; Sakulin,V.K.; Samoilenko, V.A.; Gordeev, A.B.; Sukhikh, G.T.; Uversky, V.N.; Karlyshev, A.V. Anti-Salmonella Defence and Intestinal Homeostatic Maintenance In Vitro of a Consortium Containing Limosilactobacillus fermentum 3872 and Ligilactobacillus salivarius 7247 Strains in Human, Porcine, and Chicken Enterocytes. Antibiotics 2024, 13, 30. https://doi.org/10.3390/antibiotics13010030 (Q1, IF 4.3).
V. M. Abramov, I. V. Kosarev, A. V. Machulin, E. I. Deryusheva, T. V. Priputnevich, A. N. Panin, A.M. Manoyan, I.O. Chikileva, T.N. Abashina, D.A. Blumenkrants, O.E. Ivanova, T.T. Papazyan, I.N. Nikonov, N.E. Suzina, V.G. Melnikov, V.S. Khlebnikov, V.K. Sakulin, V.A. Samoilenko, A.B. Gordeev, G.T. Sukhikh, V.N. Uversky, and A.V. Karlyshev Postbiotic S-layer protein 2 from human vaginal Lactobacillus crispatus 2029 strain is a natural perforator of the outer membrane of multi-drug resistant Salmonella En-teritidis and a protector of intestinal homeostasis in humans and animals.- послана в редакцию журнала Probiotics and Antimicrobial Proteins (Q1, IF 4.4),
Anti-Salmonella Defence and Intestinal Homeostatic Maintenance In Vitro of a Consortium Containing Limosilactobacillus fermentum 3872 and Ligilactobacillus salivarius 7247 Strains in Human, Porcine, and Chicken Enterocytes/ V. M. Abramov, I. V. Kosarev, A. V. Machulin [et al.] // Antibiotics. – 2024. – Vol. 13, No. 1. doi.org/10.3390/antibiotics13010030
«Postbiotic S-layer protein 2 from human Lactobacillus crispatus_ 2029 strain is a natural perforator of the outer membrane of multi-drug resistant Salmonella enteritidis and a protector of intestinal homeostasis in humans and animals» by authors: Vyacheslav M. Abramov, Igor V. Kosarev, Andrey V. Machulin3, Tatiana V. Priputnevich, Alexander N. Panin, Ashot M. Manoyan, Ilia N. Nikonov, Vadim K. Sakulin, Alexey B. Gordeev, Gennady T. Sukhikh, and Andrey V. Karlyshev accepted for printing and will be published approximately in issue 2, vol. 61, 2025 Russian Academy of Sciences Editorial board of journal «Applied Biochemistry and Microbiology».

2. Патенты

Заявка на изобретение № 2024108069 от 27.03.2024 «Штамм бактерий Lactobacillus salivarius ВКШМ-Г-08ПД». Авторы: Панин А. Н., Карлышев А. В., Абрамов В. М., Никонов И.Н., Косарев И. В., Абашина Т. Н., Мачулин А. В., Папазян Т. Т., Маноян М.Г., Иванова О. Е., Блюменкранц Д. А., Иванова А.Н., Маноян А. М., Хлебников В. С., Сакулин В.К.
Запрос экспертизы по существу от 26.04.2024. Ответ дан 23.05.2024. Решение о выдаче патента 07.06.2024. Выдан патент № 2 822 455.Заявка на изобретение № 2024108230 от 28.03.2024 «Штамм бактерий Lactobacillus plantarum ВКШМ-Г-06ПД». Авторы: Панин А. Н., Карлышев А. В., Абрамов В. М., Никонов И.Н., Косарев И. В., Абашина Т. Н., Мачулин А. В., Папазян Т. Т., Маноян М.Г., Иванова О. Е., Блюменкранц Д. А., Иванова А.Н., Маноян А. М., Хлебников В. С., Сакулин В.К. Формальная экспертиза завершена с положительным результатом. Выдан патент № 2 827 608 от 30.09.2024.
Заявка на изобретение № 2024108239 от 28.03.2024 «Штамм бактерий Levilactobacillu brevis ВКШМ-Г-07ПД». Авторы: Панин А. Н., Карлышев А. В., Абрамов В. М., Никонов И.Н., Косарев И. В., Абашина Т. Н., Мачулин А. В., Папазян Т. Т., Маноян М.Г., Иванова О. Е., Блюменкранц Д. А., Иванова А.Н., Маноян А. М., Хлебников В. С., Сакулин В.К. Решение о выдаче 07.05.2024. Выдан патент № 2 821 556.

3. Научные мероприяния

4. Основные результаты

В рамках реализации мегагранта «Создание средств профилактики социально значимых инфекций продуктивных животных на основе современных методов нутригеномики», выполняемого по Соглашению № 075-15-2022-1124 от 1 июля 2022 года, заключенному между Минобрнауки России и ФГБУ «ВГНКИ», были проведены следующие работы:

Скрининг штаммов-кандидатов молочнокислых бактерий рода Lactobacillus, дрожжей рода Saccharomyces, обладающих антагонистической активностью против Campylobacter jejuni.
Выбор пребиотика, повышающего антагонистическую активность штаммов-кандидатов против C. jejuni.
Создание инновационного симбиотического консорциума на основе наиболее перспективных штаммов-кандидатов и пребиотика для профилактики кампилобактериоза у сельскохозяйственных животных.