Отдел занимается микробиологическими исследованиями пищевой продукции, клинического материала от животных, кормов, комбикормов и кормовых добавок с применением классических методов, а также современных тест-систем и высокоточного аналитического оборудования.
Работа Отдела направлена на обеспечение микробиологической безопасности пищевых продуктов и сырья животного происхождения, а также разработку и освоение современных методов микробиологического анализа.
Отдел участвует в проведении лабораторных исследований в рамках Плана государственного мониторинга качества и безопасности пищевых продуктов и иной приносящей доход деятельности.
Сотрудниками отдела проводится научно-исследовательская работа по теме: «Ветеринарный мониторинг и анализ рисков возникновения резистентности зоонозных бактерий к антимикробным средствам».
Наличие современного оборудования, в том числе MALDI Biotyper Microflex (высокоэффективный времяпролетный масс-спектрометр), позволяет проводить быструю и надежную идентификацию широкого спектра микроорганизмов.
Сотрудники отдела санитарной и клинической микробиологии ежегодно проходят курсы повышения квалификации, участвуют в межлабораторных сравнительных испытаниях, организуемых международными (FEPAS) и российскими (ФГБУ «ЦНМВЛ») провайдерами. Также сотрудники отдела регулярно принимают активное участие в международных конференциях, в том числе в рамках работы Комиссии Кодекс Алиментариус.
Отдел участвует в подготовке учебных программ, реализуемых Научно-методическим базовым центром ФГБУ «ВГНКИ».